La justicia penal negociada se ha manifestado tradicionalmente como mecanismo de acuerdo entre las partes para culminar el fondo de la controversia penal. Se nota, en muchas de sus diversas instituciones, que el Código Procesal Penal se muestra orientado hacia la instauración de la justicia negociada,  y como la posibilidad de producir la reintegración social de los delincuentes y de responder a las necesidades de las víctimas, en el marco de los valores de la comunidad.

Esta justicia penal negociada se estructura como un instrumento de resolución de conflictos que se generan en el seno de la sociedad, adoptando así una concepción de resolución definitiva de los conflictos sociales, restableciendo la paz social, quebrantada por la conducta contraria a la norma.